Doktorské studium probíhá na FA ve třech akreditovaných studijních programech:
Absolvováním magisterského stupně nemusí nutně skončit životní etapa spojená se studiem. Pokud například uvažujete o akademické dráze, o zapojení do výzkumu, případně jste už praxí prošli a potřebujete v určitém oboru získat hlubší znalosti, máte možnost pokračovat na FA v doktorském studiu a po úspěšném absolvování získat titul Ph.D. Studovat lze v českém i anglickém jazyce.